Eetikakeskuse tööd juhib koos juhatajaga ka nõukogu, mis koosneb keskuse töös osalevate struktuuriüksuste esindajatest. Nõukogu koosseisu peab kuuluma ülikoolis eetikaga seotud valdkonnas tegutsevaid õppejõude ja teadlasi ning üks üliõpilaste esindaja. Üliõpilaste esindaja volitused kestavad kaks aastat ning ülejäänud nõukogu liikmete volitused viis aastat. Nõukogu valib oma liikmete hulgast eesistuja, kes juhib nõukogu tööd (täpsemalt kirjeldab nõukogu tegevust statuut).
Eetikakeskuse juhataja – Margit Sutrop
Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna esindajad
Sotsiaalteaduste valdkonna esindajad
Meditsiiniteaduste valdkonna esindajad
Loodus- ja täppisteaduste valdkonna esindajad
Üliõpilaste esindaja
Nõukogu poolt kaasatud liikmed nõukogu otsusel
Keskuse tegevust nõustava rahvusvahelise kuratooriumi koosseisu kinnitab ülikooli rektor eetikakeskuse nõukogu ettepanekul viieks aastaks. Kuratooriumi liikmetel on õigus saada keskuse juhatajalt ja keskuse nõukogult informatsiooni keskuse tegevuse kohta. Keskuse juhatajal ja nõukogul on soovitav lähtuda keskuse juhtimisel rahvusvahelise kuratooriumi ettepanekutest.
Tartu Ülikooli eetikakeskuse rahvusvaheline kuratoorium on kinnitatud järgmises koosseisus:
Prof. Dr. Jürgen Mittelstrass, Konstanzi Ülikool, (esimees)
Prof. Dr. Timo Airaksinen, Helsingi Ülikool
Prof. Dr. Dr. Jürgen G. Backhaus, Erfurti Ülikool
Prof. Dr. Ruth Chadwick, Lancasteri Ülikool
Prof. Dr. Jüri Engelbrecht, Eesti Teaduste Akadeemia
Prof. Dr. Dietrich von Engelhardt, Lübecki Meditsiiniülikool
Prof. Dr. Dr. Eric Hilgendorf, Würzburgi Ülikool
Prof. Dr. Dres.h.c. Otto Kaiser, Marburgi Ülikool
Prof. Dr. Rait Maruste, Euroopa Inimõiguste Kohus